Jedes Jahr in der Zeit von November bis Mai trifft man die Mantas von Yap im Miil Channel an. In der Mitte dieses Kanals erhebt sich eine Schwelle, der sogenannte Manta Ridge. Genau zum Gezeitenwechsel, wenn planktonreiches Wasser von den Mangrovensümpfen Richtung offenes Meer strömt, sammeln sich an dieser Stelle die riesigen Tiere. In einer endlosen Prozession ziehen sie hier ihre Kreise direkt über den Köpfen der Taucher. Ein ganz besonderes Erlebnis bietet sich den Tauchern zur Paarungszeit von Ende Dezember bis Anfang April, wenn die Mantas in diesem Kanal mit Loopings und anderen Kunststücken ein einmaliges Unterwasserballett darbieten.

An der südlichen Spitze der Insel befinden sich die sogenannten Yap Caverns. Die Riffwände fallen an dieser Stelle nahezu senkrecht in die Tiefe ab. In nur 15 Meter Tiefe schneidet sich eine große Sandfläche in das Riffdach. Diese ist mit riesigen Korallenblöcken bestückt, welche durch ihre Lage zueinander ein weit verzweigtes Labyrinth mit Höhlen und Durchbrüchen bilden. Neben den Lichtspielen in den Höhlen und dem prächtigen Korallenbewuchs sind es auch die zahlreichen Weisspitzenriffhaie, die den Platz bei den Tauchern besonders beliebt machen.